-Siete retrasos: El despegue se planificó para el 22 de enero. Sin embargo, los retrasos con la anterior misión del Columbia (STS 61-C) obligaron a posponerlo al día 23 y, después, al 24. Debido al mal tiempo en el lugar transoceánico de aterrizaje (de emergencia) o TAL de Dakar se retrasó otra vez al día 25. Se decidió sustituir a Dakar por Casablanca como TAL pero, debido a que Casablanca no estaba equipada para un aterrizaje nocturno, hubo que cambiar la hora de despegue del Challenger, que quedó fijada en la mañana del 26. No hubo tiempo de planificar la misión, que se retrasó de nuevo al 27. El lanzamiento se retrasó de nuevo otras 24 horas cuando se encontraron problemas al separar la esclusa del orbitador con los equipos de tierra. Para cuando se eliminaron las piezas que daban problemas, los vientos racheados excedían los límites de seguridad exigibles en caso de que el transbordador tuviera que hacer un regreso de emergencia. El lanzamiento, que se produjo el día 28 de enero, sufrió aún un nuevo retraso cuando un sistema de detección de incendios falló durante el proceso de carga de hidrógeno.
-Preocupación por las juntas tóricas: El día previo al lanzamiento del Challenger un equipo de ingenieros de una Junta revisora de Morton Thiokol mantuvo una teleconferencia con gerentes de la NASA del Kennedy Space Center y el Marshall Flight Space Center para evaluar el lanzamiento. A algunos ingenieros de Morton Thiokol -en especial a Roger Boisjoly- les preocupaba que las bajas temperaturas incrementaran la rigidez de las juntas tóricas.
En otros vuelos y en especial uno del Discovery se habían observado problemas graves con el sellado de las juntas tóricas (hay que recordar que éstas se reutilizan, por lo que son examinadas después de cada vuelo). En particular, en la misión STS-51-C (Discovery) del 24 de enero de 1985 hubo problemas graves en dos juntas. En ambas la primera junta no selló bien y gases calientes procedentes de la combustión erosionaron la primera junta y alcanzaron la junta secundaria dejándolo a 1 mm de grosor, la tragedia en ciernes estuvo a 1 mm de ocurrir.
La temperatura de las juntas en el momento del despegue era de 12 °C, la más baja hasta el accidente del Challenger. Pero la peor erosión de dichas juntas se produjo en el vuelo STS-51-B (Challenger), donde la izquierda primario experimentó una erosión de 4 cm de ancho por 4 mm de profundidad y la izquierda secundaria perdió una porción de 8 cm de ancho por 8 mm de profundidad. Las juntas tóricas derechas también resultaron erosionadas, pero en menor cuantía.
Con los conocimientos de los que disponían, los ingenieros de Morton Thiokol en la junta revisora discutieron acaloradamente y argumentaron que por debajo de 11,7 °C no existía garantía de que las juntas actuasen correctamente y aquella noche se preveían temperaturas inusualmente frías (la mínima registrada fue de -2 °C). Sin embargo, la gerencia de la empresa de Morton Thiokol hizo caso omiso a sus advertencias, en especial de los de Roger Boisjoly y recomendó proceder al lanzamiento bajo presión de la NASA.
-Frío en el lugar del lanzamiento: Por motivos de seguridad el transbordador no podía ser lanzado a temperaturas inferiores a 0 °C. Además, se habían formado carámbanos de hielo en la torre de lanzamiento. Aunque los operarios del Kennedy Space Center habían trabajado toda la noche para eliminar este hielo, los ingenieros de Rockwell International (contratista principal de los transbordadores) tenían dudas sobre el lanzamiento. Temían que ese hielo pudiera caer sobre el transbordador (hay que recordar que un problema similar, caída de espuma, fue la causa del accidente del Columbia años después). Los gerentes de Rockwell dijeron al responsable de los transbordadores de la NASA Arnold Aldrich que no podían asegurar que fuera seguro lanzar en aquellas condiciones. Sin embargo, tras el accidente Aldrich afirmó que no había entendido que el consejo era "no proceder". En todo caso sí estuvo de acuerdo en postponer el lanzamiento una hora para dar más tiempo al equipo de inspección. Tras esta última inspección, en la que se comprobó que el hielo se estaba fundiendo, se fijó la hora de lanzamiento a las 11:38 EST.
